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Feu vert pour la plateforme régionale de séquençage du génome

le 29 juillet 2017 - Severine RENARD - Economie

Feu vert pour la plateforme régionale de séquençage du génome
Centre Léon-Bérard_M-L. Luca - Les Hospices Civils de Lyon et le Centre Léon Bérard font partie du groupement de coopération sanitaire du projet.

Auvergne Rhône-Alpes Génomique (Auragen) a été retenu dans le cadre de l'appel à projets France Génomique 2025. Le professeur Damien Sanlaville, généticien et chef de service aux Hospices Civils de Lyon, pilotera cette plateforme de séquençage.

Quel est l’objectif de la plateforme Auragen ?
Cette plateforme va offrir aux patients atteints de cancers et de maladies rares une meilleure prise en charge. Le séquençage à très haut débit permet d’entrer dans l’ère de la médecine génomique en observant, pour chaque patient, les variations génétiques. Lire le génome d’un individu, c’est mieux comprendre et mieux soigner en proposant le traitement le plus adapté aux malades du cancer et en évitant les erreurs de diagnostic pour les pathologies rares.

Quels sont les acteurs de ce projet ?
Auragen est porté par un consortium, composé d’un Groupement de coopération sanitaire qui rassemble les quatre CHU régionaux, à savoir les Hospices Civils de Lyon, les CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble Alpes et Saint-Etienne ; les deux centres de lutte contre le cancer, à savoir le Centre Jean Perrin à Clermont-Ferrand et le Centre Léon Bérard à Lyon ; et l’Institut de Cancérologie de la Loire Lucien-Neuwirth. Les Universités sont également impliquées : Claude-Bernard Lyon 1, l’Université de Grenoble-Alpes, l’Université Jean-Monnet de Saint-Etienne, l’Université de Clermont Auvergne, ainsi que l’Ecole des Mines de Saint-Etienne et la Fondation Synergie Lyon Cancer. Un partenaire industriel, Eurofins-Biomnis, leader européen de la biologie médicale spécialisée, complète le consortium.

Il y a eu 10 candidatures à l’appel à projets France Génomique 2025 et deux projets seulement, dont Auragen, ont été sélectionnés. Qu’est-ce qui a fait la différence ?
Nous avons su fédérer tous les acteurs d’Auvergne-Rhône-Alpes, qu’ils soient hospitaliers, industriels, scientifiques ou universitaires. Les compétences en génomique des partenaires ont également donné du crédit au projet.

Comment va se mettre en place et fonctionner la plateforme Auragen ?
Le responsable scientifique du projet est le professeur Jean-Yves Blay, directeur général du Centre Léon Bérard et directeur du Site intégré de recherche sur le cancer (SIRIC) de Lyon, le LYric. Je piloterai la plateforme de séquençage qui disposera de locaux de 500 m2 sur le site de l’hôpital Edouard Herriot. Une quarantaine de personnes travailleront directement sur le projet, auxquelles il faut ajouter les personnes « satellites », comme les membres de la concertation pluridisciplinaire qui décideront de la pertinence d’effectuer un séquençage à très haut débit.
La plateforme pourra générer les données de séquences, non interprétées, en 15 jours pour les urgences et en moyenne en 4 mois pour les autres demandes. Les données seront traitées, conservées et analysées grâce à la puissance des calculateurs et aux plateformes de bio-informatique à Lyon et Grenoble. Car le projet doit aussi faire progresser les connaissances et déboucher sur de nouveaux protocoles de soins et tests diagnostiques.

A quelle échéance la plateforme sera-t-elle opérationnelle ?
Nous souhaitons être en mesure de traiter le premier patient à fin juin 2018. Ensuite, notre objectif est de produire 18 000 génomes par an. Auragen est un projet pilote qui fera l’objet d’une évaluation médico-économique pour accompagner le déploiement d’autres plateformes. L’un des enjeux est aussi d’éduquer les patients à cette médecine de précision qu’est la génomique.

De quel budget allez-vous disposer ?D. S : Les financements alloués par le gouvernement n’ont pas encore été précisés. Nous avions demandé une enveloppe de 129 M€.



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